Το Τμήμα έχει ως βασικούς του στόχους:
- την κατάρτιση καλά εκπαιδευμένων πτυχιούχων στην Επιστήμη και Τεχνολογία Τροφίμων που να είναι σε θέση να στελεχώσουν με επιτυχία τομείς της ελληνικής οικονομίας που ασχολούνται με τα τρόφιμα,
- την προαγωγή της βασικής και εφαρμοσμένης γνώσης που αφορά στην Επιστήμη και την Τεχνολογία των Τροφίμων μέσω της επιστημονικής έρευνας που διεξάγεται από το προσωπικό του.
Για την επίτευξη των στόχων αυτών, το Τμήμα βρίσκεται σε συνεχή διαδικασία ακαδημαϊκής ανάπτυξης με τη διαρκή αναθεώρηση της εκπαιδευτικής διαδικασίας (μέσω εισαγωγής νέων μαθημάτων, δημιουργίας νέων εργαστηρίων, επικαιροποίησης του προγράμματος σπουδών κλπ.), την παροχή νέων εκπαιδευτικών ευκαιριών μέσω μεταπτυχιακών προγραμμάτων ή προγραμμάτων δια βίου μάθησης, τη συμμετοχή του επιστημονικού προσωπικού του σε ελληνικά και ευρωπαϊκά ερευνητικά προγράμματα χρηματοδοτούμενα από δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς και το συνεχή εκσυγχρονισμό του επιστημονικού εξοπλισμού του, ώστε αυτός να ανταποκρίνεται στο μέγιστο δυνατό βαθμό στις ανάγκες του διδακτικού και ερευνητικού του έργου.